רותם שגיא נולד ביטבתה בשנת 1973 להוריו יוסי ושולה שגיא, נכד לשושנה וגבריאל הקנברוך ונין לסבא שמואל טאג'יר. גדל בקיבוץ יטבתה, למד במכללת סלע למחשבים, התחתן עם דפנה סרגוסטי, חי בת"א עוסק במערכות תוכנה ומחשבים. לרותם ודפנה שלושה ילדים: ירדן, אמה ואריאל.