אראל מרגלית התמודד בבחירות המקדימות שערכה מפלגת העבודה לקראת הבחירות לכנסת התשע-עשרה ושובץ במקום העשירי ברשימה והחל לכהן כחבר הכנסת בינואר 2013. מרגלית היה חבר בוועדת הכספים וגם חבר בוועדת המדע והטכנולוגיה. באוקטובר שנת 2017 – התפטר מרגלית מחברותו בכנסת וחזר לשמש כיו"ר קרן JVP וכיו"ר ארגון "יוזמה לאומית" לפיתוח שבעה אזורי צמיחה חדשים בגליל ובנגב. הארגון שהוקם בשנת 2014 "יוזמה לאומית", הינו מיזם לקידום ויצירה של 7 מוקדי חדשנות וכלכלה ישראליים, שעיקרם בצפון ובדרום והפיכתם למוקדי חדשנות בינלאומיים כאשר בכל אזור, רותמים את מוסדות האקדמיה, הרשויות המקומות, היזמים הפרטיים, התעשיות המקומיות, גופים חברתיים, משרדי ממשלה, פילנטרופיים וחברות בינלאומיות למען התמקדות בנושא טכנולוגי חדש, המושך השקעות, מייצר צמיחה בתעסוקה, עליה ברמת החיים, וכל זה סביב תחומים פורצי דרך. אראל נשוי לדבי ציירת במקצועה, לשניים שלוש בנות: תאיר, עדן, ומאיה.